由于原料药耗能高，污染较为严重，在产业结构调整指导目录中多被列为限制类投资项目。有业内人士提到，全国不定期地进行环保巡查，使得一些达不到环保要求的小企业无法生存，使得原料上游中间体生产极不稳定，造成供货不及，导致价格不断攀升。
中国医药企业管理协会研究分析认为，我国生产的原料药中，很多品种只有个别企业能正常生产，一些曾经获得生产文号的企业，在不断提高的环保标准下难以满足生产条件，导致批文闲置。
记者在国家市场监管总局 上查询部分价格涨幅大的原料药发现，拥有这些原料药生产批文的企业少，少则两三家，较多的也只有十余家，例如“扑尔敏”有GMP认证的企业只有沈阳新地药业有限公司、河南九势制药股份有限公司两家，而有成分的药品有2110种，产能跟不上，而原料药市场需求又很旺盛。
环保的高要求和批文有限导致生产企业数量少，仅剩一两家企业供应的情况已经形成了“事实垄断”，中间商更容易操作“买断包销”的模式。
医药行业 投资人周明华透露，近年来还有一些中间商采用控制某个品种的全部原料药供应的方式，大幅抬高产品价格，这些恶意“炒药”的中间商盯住批文较少的原料药厂家，囤积居奇获取高额利润，“加上新批一个原料药许可证时间很长，原来的少数企业可以在较长时间里处于市场支配地位。”
辽宁省医疗保障局医药价格和招标采购处处长张强介绍，部分原料药被企业人为控制，一旦医院和地方采购价不能满足其预期，就以药品短缺为由相要挟，制剂企业和医院都处于被动角色，缺乏议价资本。“这些药品不能正常供应，一部分是因为原料短缺问题导致药品无法生产的‘真短缺’，也存在部分原料药被人为控制甚至垄断，因采购价未能谈拢导致的‘伪短缺’。”